Nemninga allergen vert nytta på tre ulike ‘nivå’:

  1. I daglegspråket blir «allergen» nytta om det ‘makroskopiske’ stoffet som gir allergi, til dømes nøtter, pollen, soppsporar, husstøvmidd eller matvarer som fisk, reker eller egg, og jamvel hest, katt og hund. På denne måten blir ordet «allergen» også nytta i lover og forskrifter og i påboden merking av innhaldet i mat.
  2. Ei allergenkjelde, til dømes eit pollenkorn, nøtter, fisk eller mjølk, vil ofte innehalde fleire ulike allergene protein. Ein allergikar reagerer ofte berre mot eitt eller nokre få av desse proteina, som på fagspråket kvar for seg blir kalla allergen og har eigne namn (sjå nedanfor). Husstøvmidd har til dømes meir enn tretti ulike allergene protein, men berre nokre få av desse gir ofte allergi, dei andre sjeldan. Kva for nokre av dei vanlegaste allergena (proteina) ein reagerer mot, kan vere viktig for kor alvorleg allergireaksjonen blir – somme protein gir ein meir ufarleg reaksjon, andre ein meir aggressiv reaksjon. Dette har ein byrja å utnytte i allergidiagnostikken (såkalla komponentdiagnostikk).
  3. Immunsystemet reagerer ikkje mot heile proteinmolekylet, men mot kortare gjenkjenningsgrupper med storleik til vanleg åtte til tolv aminosyrer. Desse gruppene blir kalla epitopar eller antigene determinantar, og eit allergenmolekyl (protein) kan ha fleire ulike epitopar. Ein allergikar reagerer vanlegvis berre på nokre få av epitopane på berre nokre få av dei allergene proteina frå til dømes pollen, slik at det blir stor variasjon i kva ulike allergikarar reagerer mot på detaljert proteinnivå. Kvar allergikar har sitt personlege ‘allergenrepertoar», som ofte vil endre seg over tid.